为便于对兔群实行科学管理，作好生产记录，建立种兔档案是必不可少的。最基础的工作是给兔编号（只编笼号容易发生错乱）。
给兔子标号，最合适的地方是耳部，一是容易观察，二是耳壳薄，血管相对较少，打"号"对兔子损伤小。打耳号可采用刺号或配戴耳标等形式。为简化操作，保证刺号效果，提倡采用"家兔专用耳号钳"（杭州养兔技术服务中心或一些大型种兔场有售）。兔用耳号钳，除配有号码字钉外，还配有英文字母钉。英文字母钉可作品种或产地的代号，按不同顺序编排号码字钉刺号，可表示兔子的出生年、月、和编号。
具体操作：刺号前先用酒精消毒耳部，然后用已装排好字钉的耳号钳夹住血管较少的部位，用力压紧耳号钳使刺钉穿过耳壳，然后细心取下耳号钳，立即在耳壳内部刺号的部位涂上醋墨（醋墨最好以醋代水，用墨锭研磨而成），数日后耳表墨斑脱落，显出清晰而永不消褪的字号 。为减少打号给兔子带来的"痛苦"和感染疾病的危险，一般只须在一侧耳上打号。公、母兔可分别用单、双号或以左、右耳刺号来区别。耳号钳在使用前、后注意消毒。有些兔场为保护其种兔的信誉,予防假冒,可采用防伪耳标。